冷冻电镜单颗粒数据收集流程，各地不同电镜操作细节各不相同，以管理员为准。
以下为Krios 5、Falcon 4i相机、EPU软件。
上样Dock后，等待Docker温度到105 K以下之。其他温度也都是绿色。
在TEM UI界面的Autoloader > Options栏点击Inventory。如果没有Options点击Autoloader栏右上角的小三角。加载了样品的样品槽状态会变成蓝色，无样品为灰色，当前样品为黄色。等待Inventory标记从橙色转化为灰色，所有样品加载完毕。可以在样品右侧输入样品名字以便后续检查样品。
上样
在TEM UI界面Setup > Vaccum栏中确认Column Valves关闭，Col. Valves Closed为黄色（灰色为打开）。
在TEM UI界面的Autoloader > Options栏中，确认是Turbo Always On，如果不是的话切换到这个，等到Vaccum On颜色由橙色变成黄色。在检查样品筛选的过程中可以一直保持Turbo Always On，省去上下替换样品时泵反复运行的时间，在正式数据收集开始前一定要调整为Turbo Auto Off。
点击目标样品，点击Load，等待样品load完成，Load按钮变灰，下方状态栏Status无信息再进行下一步。
检查样品
打开Column Valves。转到EPU界面Preparation栏，确认是正确的setting预设参数，如果不是，也可以通过Import导入自己保存的setting文件。
确认位置
Presets切换到Atlas倍数，点击Preview。
在Atlas照片中在感兴趣的Square 的中间点击右键，Move stage here。
如果位置不合适，需要大范围移动位置，到TEM UI界面，点击R1或者Insert screen插入荧光屏，移动摇杆到一个合适的位置。抬起荧光屏，重新到EPU中Preview。
对焦
转到Auto Functions栏中，点击Auto-eucentric by beam tilt，确认presets倍数是Hole & Eucentricity，点击Start。直到右侧日志显示Complete。
回到Preparation栏，Presets切换到Holes & Eucentricity倍数，点击Preview。右键Move stage here将位置移动到四个Holes中间的碳膜上，再次Preview确认位置在碳膜上。
转到Auto Functions栏中，点击Auto focus，点击Start。直到右侧日志显示Complete。
查看样品
回到Preparation栏，Presets切换到Holes & Eucentricity倍数。右键Move stage here将位置移动到感兴趣的Hole中。Presets切换到Acquisition倍数，点击Preview。
换样
如果要换样品，转到TEM UI，确认Turbo Always On，关闭Column Valves，点击Unload，等待图标由橙色变灰以及Status无信息。选择下一个样品Load。
调机
调机这步一般可以交给管理员调。在检查样品之前做也行。
确认Turbo Auto Off。
能量过滤器对中
移动位置到一个空白位置（碳膜破开），在数据收集的高倍下确认是空白。
在EPU中Auto-function选择Auto Zero Loss，点击Start。
打开Sherpa界面，从上到下依次点击Center、Tune、Tuen Magnification、Tune Distortions，确认每个的输出结果都是绿色通过，否则重新做那一步。最后可以点击Isochromaticity > Measure检查。
测量电子剂量
如果长时间没Flash，Beam current低于5 nA，最好在TEM UI > Setup > CFEG Control中Flash一下。
还是在空白位置，回到EPU界面Preparation栏，Presets为Acquisition倍数，确认并设置电子剂量（Dose）等参数，点击Measure，确保Dose rate在绿色的区间内。可以Preview一张在右侧看是否是目标的电子剂量。
调光
在EPU界面Preparation栏Presets中切换到数据收集倍数，点击Set，按R1或insert screen插入荧光屏。
点击Direct Alignment中的np Beam tilt pp X，用Multi-Function X旋钮调节至光斑抖动最小，点击Done。
同样调节np Beam tilt pp Y。
点击Direct Alignment中的Beam shift，用Multi-Function X和Y旋钮调节光斑位于正中心，点击Done。
按R1或insert screen抬起荧光屏。
调节Astigmatism和Coma
选择一个冰较薄、完整、平整的Square，如前面检查样品时说的在碳膜上，进行Auto eucentricity和Autofocus对焦。（津南的设备此时按一下面板上的Eucentric focus）。
转到Auto function栏Calibration，选择Autostigmate，点击Start。等待Log显示Complete。Astigmatism最好在3 nm以内。
选择Autocoma，点击Start。等待Log显示Complete。Coma最好在150 nm以内。
这两个如果最后输出的数值不满意就重新做。
高低倍对齐
可选做，一般比较稳定。找一个特征明显的点，一般是小块的冰，在EPU界面选择Calibrate Image Shift，Auto eucentricy，然后在不同倍数下左键双击选择相同特征位置点，然后保存Calibration。
拍摄Atlas
检查完并确认好要收集的载网Load，然后可以将Turbo改为Auto Off。
转到EPU界面的Atlas栏。
点击New Session新建，同一杆autoloader的所有样品只需要新建一次session，Atlas在一个Session中。确认名称（这个不是收集数据的名称，一般可以不用改）、格式（mrc）、输出目录（和管理员确认），一般都不需要修改。点击Apply。
选择目标载网点击并打勾，然后点击Start开始拍Atlas。
选点
转到EPU界面的EPU栏。从上到下依次完成。
新建
点击New session，修改名字方便区分自己的数据。确认一下Output folder，一般默认。点击Apply。
Square Selection
一般开始是全选中的，可以点击Unselect All清除。
选中想要收集的Square，右键Select。选够合适的个数。如果需要的话可以只选一个先确认到最后数据收集没有问题，避免出问题需要重选。
绿色的是选中的，绿色虚线框的是智能推荐类似的，蓝色的是已经收集完的，黄色的是正在收集的。
Hole selection
选完所有Squres后Move stage到一个选中的Square中，转到下一项Hole Selection。
点击Acquire，然后点击Auto Eucentric。
等做完后，点击Measure Hole Size，左键移动调节两个圆的大小和位置，对准到Square中两个最邻近的Holes，最好是靠中间的Holes。切记是相邻的Holes而不是对角线相邻的Holes。
然后点击Find Holes，可以选中Remove Holes Close To Grid Bar来自动消除靠边的Holes。
然后点击Prepare all自动完成剩下的选中的Squares。
等所有完成后，手动检查square并擦除掉过于靠边的、污染的、空的等质量不好的Holes。点击使用Selection Brush工具，左键点击或者点击并拖动可以删除Holes，Ctrl+左键是添加Holes，Shift+滚轮可以调节刷子的大小。
点击Next或者Previous依次检查所有Squares。
Template Definition
转到下一项Template definition，设置数据收集的模板，点击Acquire，等拍完后，点击Find And Center Holes。
绿色方形的是探测器成像的范围，也就是最后收集到的图像，圆形的是光斑大小。
绿色的是数据收集的区域，可以在一个Holes里放置多个，确保不要重叠，避免二次曝光。紫色的两个是做Autofocus和Drift Measurement的地方，放置在Holes边上的碳膜上，一般这两个放在相同位置重叠在一起。
点击其中一个绿色的圆圈，设置收集的欠焦值范围，用逗号隔开，右边的复制键可以一键应用到所有绿色圆圈。
EPU会依次设置不同的欠焦收集数据。
Template Execution
使用这个可以确认Template设置的是否没错，为数据收集提供参考，点击Start会对一个位置进行数据收集。如果没问题一般也可以跳过这一步，不影响收集。
开始收集
回到EPU界面最后一项Automated Acquisition。
Options里的Close Col. Valves选上，数据收集程序完毕或意外停止后会自动关闭镜筒阀，保护电镜。
Auto Zero Loss可酌情选择，选择Yes并填入时间后，隔几个小时会自动Auto Zero Loss。
再次确认一下TEM UI中的Turbo auto off勾选。
确认一切设置好后，点击Start Run开始数据收集。
