单颗粒重构

CryoSPARC

简单好用的冷冻电镜单颗粒数据处理软件

RELION

经典冷冻电镜数据处理软件

局部密度优化

在CryoSPARC中进行局部分辨率优化

Mask创建

几种创建mask的方法

颗粒挑选

深度学习颗粒挑选方法crYOLO和Topaz

结构搭建

Coot

经典的晶体学和冷冻电镜结构手动修正软件

Phenix

半自动结构修正软件

ISOLDE

新兴的基于分子动力学模拟的冷冻电镜结构修正软件

ModelAngelo

基于深度学习从冷冻电镜map直接生成结构的软件

基础原理

冷冻电镜

关于冷冻电镜的一些基础原理

蛋白质立体化学

蛋白质结构的立体化学性质

合适的Box size

提取颗粒时用多大的Box size

Save as float 16?

数据处理时选项Float 16的影响

FSC

FSC曲线的意义

相互作用分析

常见的非共价相互作用

断层扫描

Warp-RELION-M

Warp-RELION-M子断层平均流程

RELION5 TOMO

RELION 5的完整子断层平均流程

EMAN2 TOMO

EMAN2的完整子断层平均流程

其他

ChimeraX

结构可视化作图软件

Linux

Linux系统基础操作命令

备忘录

备忘录

Alphafold3

本地部署Alphafold3

蛋白质设计

AI从头蛋白质设计