之前的教程里都会用到一些命令行，想要学会使用这些科研软件，Linux系统不必精通，但是得会一些基本的操作。
现在的服务器基本上都是linux系统。Linux系统因其开源、低风险、高稳定性、多用户的特点，被广泛地使用。现在传播最广的Liunx发行版本一个是Red Hat的CentOS，一个是Debian的Ubuntu。相对来说，CentOS更稳定简洁，更适合作为服务器。Ubuntu集成了更多功能，所以相对更适合个人使用。不过现在CentOS停止更新了，有RockyLinux替代。
这里讲一些Linux基础，仅为后续更好地使用数据处理工具，不对其作深入研究。
Shell
Shell是系统的用户交互界面。
我们连接服务器一般用ssh（即secure shell），是一种安全远程登录的协议。通过连接到服务器，可以使用命令行控制服务器。相较于直接用Teamviewer或者向日葵这种远程桌面控制软件，ssh延迟低，且支持同时打开多个，方便许多。
ssh连接客户端我个人使用的是MobaXterm软件，比较好看也很好用，下载便携版只有一个exe执行文件就可以使用。此外，还有Xshell、Xming等许多软件都支持。附MobaXterm官网。
下载好打开后左上角点击Session然后点击SSH，输入主机ip地址remote host，用户名username，端口号Port。输入密码就可以连接到远程服务器了。它会显示[用户名@主机名 当前路径] [spuser@spgpu ~]。
文件系统
linux文件类型：
-
普通文件：纯文本、代码、脚本、可执行文件、二进制文件等等。
-
目录文件：可以理解为文件夹。
-
链接文件：可以理解为快捷方式。
-
设备文件：与系统外设相关，一般在/dev下。
-
其它。
如果一个文件以”.”开头，那么它是隐藏文件。
linux文件系统是标准的树形结构。用”/”来表示根目录，用”.”来表示当前目录，用”..”来表示上一级目录。
提到这个，不得不提绝对路径和相对路径的概念。这个听起来比较抽象，新手常常不理解。绝对路径其实就是从根目录开始一层一层下去的路径，相对路径是以当前所在目录为起始和参照的。比如说我现在在我的家目录”/home/lyz”底下，且下面有一个叫test的文件。那么绝对路径就是”/home/lyz/test”，相对路径就是”./test”。
如果我们现在连接上一台linxu系统的主机或者服务器，输入”cd /”回车进入根目录（一会讲命令用法），再输入”ls”，可以显示根目录下的文件。输入”ls -l”可以显示详细信息。
cd /
ls
ls -l
-
/bin：存放常用的用户命令文件。
-
/boot：开机启动文件。
-
/dev：设备文件比如硬盘、软盘、内存等。
-
/etc：系统配置文件。
-
/home：家目录，即普通用户的主目录。也可以用”~”表示。你可以理解为桌面，把自己的一些东西放在这个目录里。
-
/lib：库文件。
-
/opt：可选目录，存放自己安装的一些软件。
-
/root：超级用户的家目录。
-
/usr：默认安装的软件会存在这里。
-
/var：可变目录，放一些日志文件。
只是作为用户的话，这些文件中除了自己的家目录”/home”（或者叫”~”）以及额外添加的比如存储数据的”/data”、”/storage”等目录，别的都不要乱动。更改配置文件很容易造成系统崩溃。
基本命令
通过命令行与服务器交互，这对于习惯了Windows图形操作界面的新手来说需要适应。下面简单介绍几个常用的命令，对于只是需要偶尔用下处理数据软件的人来说一般够用了。有遇到不会的话，网络如此发达，查一下应该也不难。附一个菜鸟教程的链接，查询很方便。下文部分引用菜鸟教程
命令大部分是由”命令+参数（可选）+对象（可选）”构成，参数由一个或者两个”-“开头。基本上命令都自带帮助文档，在命令后跟上空格”–help”，会显示出帮助文档。
ls （查看目录）
全称：list directory contents。会显示指定工作目录下的内容。
用”ls –help”可以看到用法，太长了截了一部分图（后面的命令你们可以自行输入–help看看）。可以看到help文档中写的用法是”ls [OPTION]… [FILE]…”。[]中内容是可选的。直接输入ls会显示当前目录下的内容。常用的option有：
-
ls -a：显示所有文件，包括隐藏文件。
-
ls -l：显示详细信息长列表。
cd（更换目录）
全称：change directory。进入到某个目录下。
用法：
cd [option]... [directory]...
比如：”cd /usr/local”进入到/usr/local这个文件夹下。”cd “进入到家目录（就等于/home/”username”），或者直接输入”cd”，这三者都等于进入家目录。”cd ..”表示返回上一级目录，同理”cd ../..”表示返回上两级目录
pwd（当前位置）
全称：print work directory。显示当前工作目录的位置。
用法：非常简单，直接输入pwd。
mkdir（创建目录）
全称：make directory。创建目录。
用法：
mkdir [-p] xxx #新建一个叫xxx的目录
-p是可选的，如果只是创建一个目录那就不用。如果需要在创建的目录里再创建一个目录或好几层目录，那么需要-p。比如：
mkdir test1
mkdir -p test2/test3
cp（复制文件）
全称：copy file。复制文件或目录。
用法：
cp [option] source destination #从位置source拷贝到destination
-
-r：若给出的源文件是一个目录文件，此时将复制该目录下所有的子目录和文件。
-
-l：不复制文件，只是生成链接文件。
比如将当前xxx目录下所有文件复制到/data下的新目录new下：
cp -r ./xxx/ /data/new
mv（移动文件）
全称：move file。移动文件或目录。
用法和参数类似cp。但是mv目录不需要加-r参数，mv命令可以直接操作移动目录。
rm （删除文件）
全称：remove。删除。
用法：
rm [option] xxx #删除xxx
-
-r 删除目录及目录下的所有内容。
-
-f 如果文件是只读模式，也一并删除，不需要额外确认。
比如说这里有一个test文件夹，下面还有很多文件和文件夹。我想把它们都删完。
rm -rf ./test
vi/vim/gedit （文本编辑器）
用法：
vi xxx
vim xxx
gedit xxx
这三个都是linux的文本编辑器（你就想成是Windows的记事本）。所有Unix like系统都一定自带vi编辑器，其它都需要安装。现在用的比较多的是vim，因为它有字体颜色辨别语法正确性。gedit和Windows的记事本基本没什么区别了，但是会有GUI界面，打开速度慢一点。vi/vim可以直接在shell界面编辑，用法对于用惯了记事本的朋友来说略显复杂，需要学习一下，不想学的直接gedit。
vi/vim一般常用的方法就是：进入时是阅读模式，按”i”进入编辑模式，按”esc”推出编辑模式，按”：”进入操作模式，操作模式下输入”q”回车退出，输入”wq”保存后退出，输入”q！”不保存退出。更多操作上网搜。
ln （链接）
全称：link files。为某一个文件在另一个目录下创建链接。你可以理解为快捷方式。
用法：
ln [option] 源文件或目录 目标文件目录
我们常用的软链接的参数是 -s。
比如你的电镜原始数据在一个文件夹里/data/20230429xxx。而你的工作目录是/home/lyz/relion。你不想挪你的数据，又想relion能访问到，那么建立一个软链接。
cd /home/lyz/relion
mkdir rawdata
cd rawdata
ln -s /data/20230429xxx/*.tiff /home/lyz/relion/rawdata/
这样就会把原始数据里所有tiff后缀的文件链接到rawdata里了。
输入ls -l会显示软链接文件指向的位置。比如我们的根目录下的bin和lib其实都是软链接到/usr/bin和/usr/lib的一个链接而已。
nvidia-smi （显卡状态）
大名鼎鼎的显卡制造商英伟达（Nvidia）。命令为查看显卡GPU使用状态。数据处理常常用到GPU加速，注意看看GPU使用状态，别和别人撞上了，大家一起用一张卡最后内存溢出程序崩溃，都要重新算。
nvidia-smi
module （管理环境）
这是为了防止软件之间配置环境等等冲突，以及可以使用不同版本的软件。
用法：
module list #显示当前load的软件
module avili #显示待可用的所有软件
module load xxx #加载叫xxx的软件
module unload xxx #关闭叫xxx的软件
conda（管理环境）
conda是著名的Python软件包管理工具，作用是创建不同的环境来使用不同的软件，避免两个软件需要不同的环境而导致没法同时安装使用。它的功能十分强大，我们只说可能用到的一点点。
用法：
conda activate xxx
(xxx)$ conda deactivate xxx
激活了某一环境比如xxx后Shell命令行用户名之前就会出现（xxx），表示环境激活，此时就可以用在这个环境下安装的软件了。deactivate之后（xxx）消失。
mount （挂载硬盘）
有些Linux系统插入硬盘后需要手动挂载硬盘才能访问读写。可以先用lsblk命令查看系统识别的硬件，然后用mount命令来将硬盘挂载到挂载点上。
用法：
sudo mount /dev/sdx1 /mnt/media
这里/dev/sdx1是用lsblk命令查看到的目标硬盘，/mnt/media是系统上自己创建的一个挂载点。
ps/kill
ps是查看当前进程命令，你可以理解为Windows的任务管理器吧。而kill命令则如其名是关闭进程的，后面需要跟一个PID，这个PID就是显示出来的第二列那个。
ps au
USER PID %CPU %MEM VSZ RSS TTY STAT START TIME COMMAND
lyz 10 0.0 0.0 14264 2716 pts/0 Ss 08:04 0:00 -bash
lyz 94 0.0 0.0 15520 1924 pts/0 R 10:53 0:00 ps au