总结几个做mask的方法。
这里用一个ATPase作为例子，它分为可溶区头部和一个跨膜区，这里打算做一个跨膜区的mask做local refinement。
橡皮擦
这是最简单直接的方法，用Chimera或者ChimeraX打开map，然后用Tools > Eraser直接一点点擦就好了。
PDB to mask: ChimeraX
如果用ChimeraX，#1是map，#2是model。
先将pdb模型fit到对应位置，用molmap命令生成map。
molmap #1 30 onGrid #2
#1是pdb，#2是map，30是分辨率可以酌情调整。
然后保存新生成的#3 map，就可以在cryosparc里import volume了，记得type选择是mask，做一下柔化啥的，和之前的Local refinement教程里一样。
操作model比操作map简单多了 。甚至如果已经有局部的model了都不用删，可以快速对多个需要做local refinement的结构生成mask，这样就比橡皮擦快多了。
PDB to mask: Chimera
用Chimera软件的方法，一样先将model和map对应fit上。
根据这个model来生成map：
- 重新显示map，然后在fit in map里点开option。
- 勾上Real-time correlation / average update和Use map simulated from atoms, resolution。
- resolution输入一个较低分辨率，比如这里给8。
- Optimize选择correlation。
- 然后点击Fit。这样就生成了一个粗略的mask了。
还需要让它边缘更加平滑一些。在Tools里选择Volume filter，将Width调到3，然后点击Filter。
注意此时mask是生成的，所以voxel size和原始的map不同，还需要让统一一下方便后续做refine。在command line输入并回车
vop resample #2 ongrid #0
其中#2是我们用Fit生成的那个map，#0是我们一开始打开的map。
可以看到#2的voxel size已经是480x480x480了（等于particle extraction的box size）。
然后保存map#2。
视频：
Map segment
这是贴在里的方法，也统一放在这页里。来自CryoSPARC，使用Segment方法分区，然后选区。
打开的Map。先用高斯滤波将Map平滑。平滑的mask很重要，没有低通滤波的mask包含高分辨率信息，后续的refinement可能会仅根据mask而不是volume本身在half map之间产生虚假的相关性，这会导致虚高的GSFSC，所谓的overfitting。
volume gaussian #1 sDev 2
然后使用Segger工具将volume分区。在ChimeraX中点击Tools - Volume Data - Segment Map。在弹出的框中选择刚刚生成的高斯滤波的volume，然后点击Segment。
map已经被分成了多个区域，现在需要做的是选中头部区域的块，操作详见ChimeraX使用。
Ctrl+Shift+鼠标左键可以连续选中区域，然后点击Group可以把多个区域合并成一个区域。点击Hide/Show/Delete就是对应的隐藏/显示/删除。差不多达到这个效果：
这样生成的volume的box size是不对的，我们需要把它调成和我们原始map相同。这里#4是要保存的mask，#1是最开始的map。
volume resample #4 ongrid #1
这样就会生成一个新的#5的map，保存它。