本文介绍PDB文件的格式。在搭建结构的时候懂得PDB文件的底层逻辑有的时候很有用，也方便编辑以及找到问题所在。
将后缀.pdb的结构坐标文件用记事本或其它文本编辑器打开可以看到坐标文件的组成。
PDB文件的本质就是把每个原子的坐标信息都一一记录下来，每行是一个原子，即以ATOM开头的行。
有一些PDB文件可能直接第一行就是以ATOM开头，但是很多正式的PDB文件在前若干行会先看到一系列不是ATOM开头的，作为额外信息，这些信息不影响可视化软件显示PDB文件。
然后往下翻可能会看到HELIX和SHEET等，这些是二级结构信息，这些信息不影响结构的打开和原子显示，但是可能会影响可视化软件里二级结构的展示。
比如在一些情况下如果文件里不存在HELIX和SHEET，软件会自动渲染二级结构，但是有这些信息，软件就会根据PDB文件中的这些字段来渲染二级结构。
再往下一般就到了ATOM字段了，这是这个PDB文件的核心成分，软件就是根据这些字段来识别原子坐标和类型。
中间可能还会有一些以HETATM开头的行，代表了非标准残基的原子，例如一些配体小分子之类的。
最后是结束标识，TER是每条链的结束，END是整个文件的结束。
这些一般是最常见的PDB文件中的字段，还有一些额外的可以参考PDB数据库官方的介绍。
例如在二级结构和ATOM之间还常常有CRYST、ORIGX这些晶胞特征及坐标变换参数，在文件末尾END之前可能会有CONNECT来标识连接的化学键，这些也是常常能看到的。
最后附上（不一定完整）格式解析：
标题部分
HEADER: 分子类, 公布日期, ID号
OBSLTE: 注明此ID号已改为新号
TITLE: 说明实验方法类型
CAVEAT: 可能的错误提示
COMPND: 化合物分子组成（比如 蛋白质以及配体）
SOURCE: 化合物来源（比如来源大肠杆菌的某种酶）
KEYWDS: 关键词
EXPDTA: 测定结构所用的实验方法
AUTHOR: 结构测定者
REVDAT: 修订日期及相关内容
SPRSDE: 已撤销或更改的相关记录
JRNL: 发表坐标集的文献
REMARK: 注释
REMARK 1: 有关文献
REMARK 2: 最大分辨率
REMARK 3: 用到的程序和统计方法. 该记录用来记述结构优化的方法和相关统计数据
REMARK 4-999: 其他信息
一级结构
DBREF: 其他数据库的有关记录
SEQADV: PDB与其他数据库内记录的出入
SEQRES: 残基序列
MODRES: 对标准残基的修饰
杂因子
HET: 非标准残基
HETNAM: 非标准残基的名称
HETSNY: 非标准残基的同义字
FORMOL: 非标准残基的化学式
二级结构
HELIX: 螺旋
SHEET: 折叠片
TURN: 转角
连接注释
SSBOND: 二硫键
LINK: 残基间化学键
HYDBND: 氢键
SLTBRG: 盐桥
CISPEP: 顺式残基
晶胞特征及坐标变换
CRYST1: 晶胞参数(NMR除外)
该记录用来记述晶胞结构参数(a, b, c, α, β, γ, 空间群)以及Z值(单位结构中的聚和链数)
ORIGXn: 直角-PDB坐标
SCALEn: 直角-分数结晶学坐标(n=1, 2, 3, NMR除外)该记录介绍数据中直角坐标向部分晶体学坐标的转换
MTRIXn: 非晶相对称
TVECT: 转换因子
坐标部分
MODEL: 多亚基时示亚基号
当一个PDB文件中包含多个结构时(例:NMR结构解析), 该记录出现在各个模型的第一行. MODEL记录行的第11-14列上记入模型序号. 序号从1开始顺序记入, 在11-14列中从右起写. 比如说有30个模型, 则第1至9号模型, 该行的7-13列空白, 在14列上记入1-9的数字; 第10-30号模型, 该行的7-12列空白, 13-14列上记入10-30的数字.
ATOM: 标准基团的原子坐标
该记录记述了标准氨基酸以及核酸的原子名, 残基名, 直角坐标, 占有率, 温度因子等信息.
SIGATM: 标准差
ANISOU: 温度因子
SIGUIJ: 各种温度因素导致的标准差
TER: 链末端
该记录表示链的末端, 在每个聚合链的末端都必须有TER记录, 但是由于无序序列而造成的链的中断处不需要该记录.
HETATM: 非标准基团原子坐标
该记录记述了标准氨基酸以及核酸以外的化合物的原子名, 残基名, 直角坐标, 占有率, 温度因子等信息.
ENDMDL: 亚基结束
与MODEL记录成对出现, 记述在各模型的链末端的TER记录之后.
自定义连接部分
CONECT: 原子间的连通性有关记录
MASTER: 版权拥有者
END: 文件结束 该记录标志PDB文件的结束, 是必需的记录.
KEYS = [‘ATOM’, ‘HETATM’, ‘HELIX’, ‘SHEET’, ‘TURN’, ‘SSBOND’, ‘LINK’, ‘TER’,’HEADER’, ‘OBSLTEID’, ‘TITLE’, ‘CAVEAT’, ‘COMPND’, ‘SOURCE’, ‘KEYWDS’, ‘EXPDTA’, ‘AUTHOR’, ‘REVDAT’, ‘SPRSDE’, ‘JRNL’, ‘REMARK’, ‘DBREF’, ‘SEQADV’, ‘SEQRES’, ‘MODRES’, ‘HET’, ‘HETNAM’, ‘HETSNY’, ‘FORMOL’, ‘HYDBND’, ‘SLTBRG’, ‘CISPEP’, ‘CRYSTNMR’, ‘ORIGXPDB’, ‘SCALENMR’, ‘MTRIX’, ‘TVECT’, ‘MODEL’, ‘SIGATM’, ‘ANISOU’, ‘SIGUIJ’, ‘ENDMDL’, ‘CONECT’, ‘MASTER’, ‘END’]
ATOM
列 说明
1 – 6 记录类型
7 – 11 原子序号
13 – 16 原子名称，往往从第14位开始写, 占四个字符的原子名称才会从第13位开始写
17 额外定位符
18 – 20 残基名称
22 原子所属的链
23 – 26 残基序列号
27 残基插入代码
28 – 30 留空
31 – 38 x坐标
39 – 46 y坐标
47 – 54 z坐标
55 – 60 占有率 Occupy
61 – 66 温度因子 B-factor
67 – 72 留空
73 – 76 区段标识 Seg id
77 – 78 元素符号, 右对齐
79 – 80 原子电荷